MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE Průkaz DNA / RNA (PCR)

Herpetické infekce (krev / mok / stěr / plodová voda / jiné)	HSV 1, HSV 2 CMV - kvantitativně (EDTA krev! ) VZV EBV - kvantitativně (EDTA krev! )
Respirační infekce (výtěr / BAL / výplach / mok / sputum, aspirát)	Influenza A, Influenza B, RSV (respirační syncycyální virus) COVID-19 PCR Panel CAP (komunitní pneumonie) (Streptococcus pneumoniae, Hemophillus influenze, Chlamydia pneumoniae, Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae, Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis) Panel RESPIRAČNÍ PATOGENY – multiplex PCR z výtěru (FilmArray) - obsahuje Covid 19 Adenovirus , Covid 19, Coronavirus 229E, HKU1, NL63, OC43, MERS-CoV, Metapneumovirus , Rhinovirus / Enterovirus, Influenza A,B, Parainfluenza virus,, RSV, Bordetella pertusis, Bordetela parapertussis, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae Panel PNEUMONIA plus - multiplex PCR (FilmArray) BAKTERIE: Acinetobacter calcoaceticus/baumannii complex, Enterobacter cloacae complex, Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Klebsiella aerogenes, Klebsiella oxytoca, Klebsiella pneumoniae group, Moraxella catarrhalis, Proteus spp., Pseudomonas aeruginosa, Serratia marcenscens, Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes ATYPICKÉ BAKTERIE: Chlamydia pneumoniae, Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae VIRY: Adenovirus, Coronavirus (229E,HKU1,NL63,OC43),* Human Rhinovirus/Enterovirus, Human Metapneumovirus, Influenza A, Influenza B, Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS CoV), Parainfluenza Virus, Respiratory Syncytial Virus GENY ANTIMIKROBIÁLNÍ RESISTENCE: Methicillin resistance (mecA/C,MREJ), Carbapenemases (KPC,NDM, Oxa-48-like, VIM, IMP) * ESBL (CTX-M)) Aspergillus PCR Mycobacterium TBC komplex Mycobacterium sp.- atypická mykobakteria Pneumocystóza mikr a PCR PAR
Exantémové a dětské nemoci	Morbilli PCR (stěr, moč, sputum) Parvovirus B19 PCR (stěr, EDTA krev, plodová voda) Parotitis PCR (bukální stěr, moč, sliny, mok) Enteroviry PCR (stěr z puchýřků, výtěr z nosohltanu)
Virové hepatitidy	HBV kvantitativně (EDTA krev! ) HCV kvantitativně, Genotypizace HCV (EDTA krev! ) HEV PCR (sérum, stolice)
Neuroinfekce (mozkomíšní mok, krev)	Panel bakteriálních meningitid (mok) - PCR multiplex Haemophilus influenza, Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus agalactiae, Listeria monocytogenes, E. coli) Panel virových meningitid - PCR multiplex (HSV-1 / HSV -2 / VZV) Panel_LIKVOR - PCR multiplex (FilmArray) BAKTERIE: E.coli K1, Haemophilus influenzae, Listeria monocytogenes, Neisseria meningitidis, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae Viry: CMV, Enteroviry EV, HSV-1, HSV-2, HHV-6, Human Parechovirus HPeV, VZV Fungi: Cryptococcus neoformans/gattii Enteroviry PCR Virus západonilské horečky (WNV) PCR Borrelia - PCR (lze i synoviální tekutina)
Pohlavně přenosné infekce (stěr, výtěr, sekret, moč)	Chlamydia trachomatis PCR Neisseria gonorrhoeae PCR Mycoplasma genitalium PCR (po tel. domluvě lze dovyšetřit geny rezistence k ATB) Panel STI - PCR multiplex Mycoplasma genitalium, Mycoplasma hominis, Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum, Trichomonas vaginalis Panel uregonitální vřed – multiplex PCR Treponema pallidum, Haemophilus ducreyi, LGV, Herpes simplex virus 1, 2, Varicella zoster virus, Cytomegalovirus Monkey pox PCR – opičí neštovice
Infekce cestovatelů	Panel Infekce cestovatelů PCR multiplex Dengue, Chickungunya, Zika, West Nile virus Panel stolice na parazity - PCR multiplex Giardia lamblia, Entamoeba histolytica, Cryptosporidium, sp., Blastocystis hominis, Dientamoeba fragilis, Cyclospora cayetanensis
Parazitární infekce	Pneumocystóza PAME - Primární amébová meningoencefalitida Granulomatózní amébová encefalitida Acantamébova keratitida Leishmanióza - mikroskopie + PCR Trichomonas vaginalis Panel stolice na střevní protozoa (protista) - PCR multiplex (Giardia lamblia, Entamoeba histolytica, Cryptosporidium, sp., Blastocystis hominis, Dientamoeba fragilis, Cyclospora cayetanensis) Panel stolice na střevní helmintózy - PCR multiplex (Enterocytozoon spp./Encephalitozoon spp., Strongyloides spp., Hymenolepis spp., Ascaris spp., Taenia spp., Trichuris trichiura spp., Ancylostoma spp., Enterobius vermicularis , Necator americanus) Malárie PCR
Jiné	Clostridium difficile+ toxiny Komplexní vyš. stolice před fekální transplantací – PCR multiplex Panel HEMOKULTURA – multiplex PCR (FilmArray) G+bakterie: Enterococcus faecalis /faecium, Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis /lugdunensis, Streptococcus agalactiae /pneumoniae /pyogenes G-bakterie: Acinetobacter calcoaceticus+baumannii complex, Bacteroides fragilis, Enterobacterales, Enterobacter cloacae complex, Escherichia coli, Klebsiella aerogenes / pneumoniae group /oxytoca, Proteus sp., Serratia marcescens, Salmonella sp., Haemophillus influenzae, Neisseria meningitidis, Pseudomonas aeruginosa, Stenotrophomonas maltophilia Fungi: Candida albicans /auris/ glabrata /krusei /parapsilosis /tropicalis/, Cryptococcus neoformans+gattii ATB rezistence: karbapenemázy (IMP, KPC, OXA-48-like, NDM, VIM), Colistin rezistence (mcr-1), ESBL (CTX-M), Methicillin rezistence (mecA/C, mecA/C a MREJ (MRSA), Vancomycin rezistence (vanA/B)